گروه بندی مجدد زیرگونه های Clavibacter michiganesis بر پایه آنالیزهای توالی کل ژنوم و چند لوکوسی

Re-classification of Clavibacter michiganensis subspecies on the basis of whole-genome and multi-locus sequence analyses

مجله Ncbi

سال ۲۰۱۸

چکیده

اگرچه در ابتدا پیشنهاد شده بود که جنس Clavibacter همه باکتری های کورینه فرم فیتوپاتوژنیک حاوی دی آمینوبوتیرات B2γ در پپتیدوگلیکان را در بر می گیرد اما گروه بندی مجدد همه به جز یک گونه به درون جنس های دیگر منجر به ایجاد حالات جدید با اختصاصیت منفرد در جنس ها شده است. گونه های منفرد موجود در جنس، Clavibacter michiganensis، چندین زیرگونه دارد، که همگی از پاتوژن های گیاهی اختصاصی میزبان هستند. آنالیز کل ژنوم، بر اساس میانگین شباهت نوکلئوتیدی و هیبریداسیون DNA-DNA دیجیتال، و همچنین آنالیز توالی چند لوکوسی (MLSA) 7 ژن خانه دار، از ارتقا هر زیرگونه C. michiganensis به وضعیت گونه حمایت کرده است. بر اساس داده های کل ژنوم و MLSA، ما ایجاد دو گونه جدید و ۳ ترکیب جدید را پیشنهاد کردیم: Clavibacter Capsici sp. Nov., comb. Nov و Clavibacter tessellarius sp. Nov., comb. Nov., و Clavibacter insidiosus comb. Nov.,، clavibacter nebraskensis comb. Nov. و Clavibacter sepedonicus comb. Nov. .

Abstract

Although the genus Clavibacter was originally proposed to accommodate all phytopathogenic coryneform bacteria containing B2g diaminobutyrate in the peptidoglycan, reclassification of all but one species into other genera has resulted in the current monospecific status of the genus. The single species in the genus, Clavibacter michiganensis, has multiple subspecies, which are all highly host-specific plant pathogens. Whole genome analysis based on average nucleotide identity and digital DNA– DNA hybridization as well as multi-locus sequence analysis (MLSA) of seven housekeeping genes support raising each of the C. michiganensis subspecies to species status. On the basis of whole genome and MLSA data, we propose the establishment of two new species and three new combinations: Clavibacter capsici sp. nov., comb. nov. and Clavibacter tessellarius sp. nov., comb. nov., and Clavibacter insidiosus comb. nov., Clavibacter nebraskensis comb. nov. and Clavibacter sepedonicus comb. nov.

دانلود رایگان مقاله انگلیسی

خرید ترجمه آماده ورد